Vor 1900 stand an Stelle des heute vorhandenen Gebäudes eine Wagenhalle aus Holz, die als Betriebshof der damaligen Pferdebahn diente. Diese Halle wurde 1900 abgerissen und durch das heutige Gebäude ersetzt, da sie für die elektrischen Triebwagen der Straßenbahn nicht geeignet war. Der Neubau des Betriebshofes wurde durch eine hölzerne Halle ergänzt, in der die Straßenbahn-Hauptwerkstatt untergebracht war.

1944 wurde die Wagenhalle, im Gegensatz zur benachbarten Halle der Hauptwerkstatt, durch Luftangriffe nur geringfügig beschädigt, dennoch zogen sich die Instandsetzungsarbeiten über 12 Jahre hin. Die Platzverhältnisse reichten bald nach dem Zweiten Weltkrieg nicht mehr für die Bedürfnisse der Hauptwerkstatt aus, so dass am 6. Februar 1966 der Betriebshof Bockenheim aufgelöst wurde und die Straßenbahn-Hauptwerkstatt auf alle Hallen ausgeweitet wurde. Im Oktober 1978 konnte der Neubau der Stadtbahnzentralwerkstatt in Frankfurt-Praunheim eröffnet werden, woraufhin das Depot vollständig stillgelegt wurde. Bereits 1979 wurde die Halle als eines der ersten Industriedenkmäler im Rhein-Main-Gebiet unter Denkmalschutz gestellt.

Auch nach der vollständigen Stilllegung des Depots lagen bis ungefähr 1986 auf dem Gelände noch Gleise, ohne Oberleitungen und ohne Zufahrtsgleise, die an der Bockenheimer Warte bereits abgebaut waren. Zu dieser Zeit wurden die an der Nordseite noch vorhandene hölzerne Wagenhalle und alle anderen Nebengebäude abgerissen, um das Gelände als öffentlichen Parkplatz und für gelegentliche Veranstaltungen nutzen zu können, zum Beispiel für ein Gastspiel des Zirkus Roncalli im Jahre 1986.

Von 1981 bis 1985 war zudem die Fahrzeugsammlung des Frankfurter Feldbahnmuseums (damals Dampfbahn Rhein-Main e. V.) im Depot untergebracht; für den gelegentlichen Fahrbetrieb mussten jedes mal Schmalspurgleise provisorisch im Hof des Depots verlegt werden. 1985 bezog der Verein die heutigen Räumlichkeiten des Feldbahnmuseums in Frankfurt-Rebstock.

Nach dem Brand des Opernhauses im November 1987 benötigte das Schauspiel Frankfurt dringend eine neue Spielstätte, da das bisherige Schauspielhaus vertretungsweise von der Oper Frankfurt genutzt wurde. Das Depot wurde 1988 nach Plänen der Architekten Henrici und Geiger renoviert und für 14 Millionen Deutsche Mark in ein Theater umgebaut. Dazu wurde unter anderem auch ein längsseitiger Anbau in modernem Stahlbau ergänzt. Vor dem Depot wurde ein großer Platz angelegt.

Nach der Wiedereröffnung der Oper im Jahre 1991 fand das Depot hauptsächlich für Gastspiele Verwendung. 1994 wurde hier zur 1200-Jahr-Feier der Stadt die Ausstellung „FFM 1200/Tradition und Perspektiven einer Stadt“ gezeigt. Ab 1995 war hier bis zu seiner Schließung 2004 das Theater am Turm zu Hause. Seitdem wird das Depot, das der Stadt Frankfurt am Main gehört, hauptsächlich von der Oper Frankfurt, dem Schauspiel Frankfurt und gelegentlich bei seinen Gastspielen von der Tanz-Truppe The Forsythe Company genutzt. Mit dem Stück Endless House hielten William Forsythe und seine Tänzer im Jahr 1999 Einzug in das Bockenheimer Depot.